广州市水务局在答复广州市政协一委员关于河涌治理问题时，复函文件中标注了“免于公开”几个字，让其难以理解。记者从复函中看到，市水务局表示，广州市河涌治理面临三大难题，设施滞后、跨界治污难、非法养殖风险大。对此，市水务局表示将在未来建立“河长制”考核办法，落实各级“河长”责任。
市水务局在复函中称，广州主要江河水质总体良好，省控地表水环境功能区水质达标率为86.9%，每月定期发布水质监测信息的60条河涌中，2条河涌连续8个月均存在黑臭现象，28条河涌偶尔出现黑臭现象。截至2014年底，全市已建成48座污水处理厂，全年城镇生活污水处理率达92.09%。

针对流溪河中下游区域环境污染问题较为突出的情况，2014年，市、区两级环保部门集中力量排查了白云区内流溪河干流及重点支涌流域污染源1756家，关停搬迁306家，立案958宗，申请法院强制执行319宗；联合属地镇街和相关职能部门依法取缔了太和镇大源村、永平街老屋村61家小工厂、小作坊，清理整治了新市街小坪工业区、东凤涌流域68家无牌无证污染企业；已清拆影响流溪河水体的田间窝棚578间、生猪养殖场544间，关停淘汰11家落后产能电镀企业。

市水务局指出，河涌治理三大难题：设施滞后、跨界治污难、非法养殖风险大。

下一步，市水务局表示，2016年底前，广州重点整治污染严重的广佛跨界区域16条河涌，力争到2016年，实现16条河涌“旱季污水100%截流”，基本消除劣V类水体。未来还将制定“河长制”考核办法，落实各级“河长”责任。同时，加强督办，每月通报主要河涌水质状况，切实推进整治工作的落实。